Положенный максимальный срок выдачи паспорта по месту обращения - 2 мес. Так что в вашем случае нарушения нет.
А вот с регистрацией, наверняка будет, т.к. в паспорт должны быть внесены все необходимые отметки.
Приказ ФМС РФ от 07.12.2009 N 339
"Об утверждении Административного регламента Федеральной миграционной службы по предоставлению государственной услуги по выдаче, замене и по исполнению государственной функции по учету паспортов гражданина Российской Федерации, удостоверяющих личность гражданина Российской Федерации на территории Российской Федерации"
47. В паспорте производятся следующие отметки и записи:
47.1. О регистрации гражданина и снятии его с регистрационного учета по месту жительства:
путем проставления оттиска штампа о регистрации по месту жительства по форме N 4П (приложение N 4 к Административному регламенту) или путем внесения штампа по форме N 5П (приложение N 5 к Административному регламенту) с заполнением его с использованием специального принтера;
При оформлении паспорта вне места жительства в оттиске штампа о регистрации по месту жительства проставляются реквизиты подразделения, осуществившего регистрацию, и дата регистрации по указанному месту жительства.
- это ваш случай.
Проблемы взаимодействия подразделений ФМС вас волновать не должно.